インストールは簡単.

apt-get install gnuplot

まず，データファイル(ファイル名はなんでもよい)を以下の形式で作成する．

#data
#xの値 yの値
1      10
2      20
3      30
4      40
5      50

次に、以下のようなgpfile(ファイル名はなんでも良い)を作成．

#epsファイルにカラーで吐き出すための指定．
set terminal postscript eps color
#出力ファイル名の指定．
set output "graph.eps"
#ラインスタイルの定義．
#set linustyle ラインスタイル番号 lt 色 lw 太さ
set linestyle 1 lt 1 lw 5
#グラフ項目の位置指定
#set key x座標 y座標
set key 3 10
#x軸とy軸のラベル指定と出力指定．
set xlabel "X"
set ylabel "Y"
show xlabel
show ylabel
#描画
#plot "データのファイル名" wl ls ラインスタイル番号(上で定義した番号)
#wlは「線グラフで書け」という指定．
plot "data" title 'sample' w l ls 1
#画面上に表示しなおす．
set terminal x11
plot "data" title 'sample' w l ls 1

gnuplotとコマンドを打つ．そして以下のコマンドを入力．
load gpfile
quitで終了．
なお，ここではgpfileを作ったが，コマンドgnuplotを実行した後，プロンプト (>)から実行してもよい．